但是心之助和大蛇丸等人不甘心放弃这种邪恶的力量，继续偷偷进行禁术的研究。被三代发现之时居然携带卷轴和药材逃离。三代最好的弟子和儿子就这样成了木叶的叛忍！大蛇丸消息得信讯全无。而从暗部传来的心之助的最后消息是：他得到了风之国的暗中支持，在沙忍村和凤影一起进行所谓沙之守鹤的活体研究。
第二次忍界大战结束后几年，暗中进行的“日出”计划有了新的进展，“日出”计划有一些新人加入，并化名为“晓”，他们开始从最弱的神兽?风之国的守鹤，开始下手。他们付出巨大努力把守鹤降伏并助风影把守鹤的力量给了我爱罗。但与此同时，激出守鹤的力量也在不经意间惊动了最强的神兽?火之国的妖狐，在妖狐强大的力量面前，火之国生灵涂炭，在即将崩溃之际，第四代火影与妖狐展开直面战斗。到最后四代知道凭他的力量是无法打倒妖狐的，他只能以生命为代价将妖狐封印，但四代早已从三代那里知道了一些关于当年“日出”计划所有事，他知道“晓”将来可能会对木叶不利，用他过人的天质使出了“尸鬼封禁”的最高境界，把妖狐封印在了刚出生的孩子?漩涡鸣人肚子里，并用最后的力气加上了二个“四像封印”，使妖狐的力量能直接转化成鸣人力量，让他有能力对抗“晓”及“日出”计划造出来的几个和他一样具有神兽力量的人。
几年后，大蛇丸在一次“晓”的任务中与拥有写轮眼的一族??宇智波的止水和鼬交手，见识到了写轮眼的强大，便开始对“晓”心生叛意，而更痴迷于得到写轮眼。于是，一次大蛇丸潜入木叶寻找鼬，但他的行动被止水察觉，止水跟踪大蛇丸到河边，并看见了鼬，看见大蛇丸要对鼬不利，上前与鼬一起和大蛇丸展开战斗，可就算他们俩人合力也打不过3忍之一的大蛇丸，他知道鼬的巨大潜力，为了不让大蛇丸得到写轮眼，他自己为鼬挡住大蛇丸的攻击死了，在巨大的痛苦中逼着鼬临时把万花筒写轮眼开眼，被万花筒写轮眼强大的精神力打击的大蛇丸知道形势对他不利，在木叶的援兵赶来之前匆匆离开，但万花筒写轮眼的力量让他更加坚定了要得到写轮眼的决心。鼬带着误会回去后把一切告诉了三代火影，暗部和宇智波一族召开绝密的紧急商议，最后大义凌然的决定为了写轮眼不被邪恶力量掌握，也为了保护木叶不受“晓”的威胁，决定让鼬杀死全族人，只留下宇智波一族最出色的他和弟弟佐助，以保护写轮眼不为漏，并背以“灭族”的罪混进“晓”，以监控这一邪恶组织。在屠族当天鼬故意支开佐助让他晚回家，在亲手杀完全族后，鼬的写轮眼终于真正开眼了，鼬借助万花筒写轮眼“月读”的力量，在佐助幼嫩的心灵上刻上了一道深深的痛苦，为他日后成长起到了很大作用。就这样鼬背负着世人的怨弃，背负着世界的兴亡，那双下零杠（写轮眼），隐藏了了太多的坚强，太多的忧郁。。。消失在这一段的历史中，无数英雄的牺牲，木叶忍村开始了新的时代 。
